水涝烂根主要是土壤积水使根部缺氧，从而导致根呼吸受阻，大部分吸收根变黑死亡，严重者叶片边缘出现黑褐色枯死，类似药害。在多雨年份的排水不良以及土壤粘重透气性较差的果园发生较重，其表现为树势衰弱、叶片小而薄，根颈部皮孔呈膨大窒息状，往往伴随缺素。
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施肥过量或者距离根系太近，以及树盘长时间积水等原因，都会导致樱桃树烂根。另外，喷洒草甘膦等除草剂也会导致樱桃树烂根。
施用农家肥时集中在主根附近，或者是施用肥料的浓度过高可能会使得主根木质部发黑坏死，小根和须根变红褐色死亡，近年来大樱桃园因施用未腐熟的农家肥或施肥不当造成烂根死树现象多有发生。
解决方法施用肥料一定要注意，首先不宜将肥料直接接触根系，以免烧根，再就是施用农家肥一定要经过充分的腐熟发酵，只有这样才不会出现肥害现象。
从症状看是根腐烂，刨盘查根，如果大根腐烂，无法根治，建议挖除为佳。如果外围根尖及毛细根腐烂，建议按三步走的方法防治。根腐病属土传病害，病菌靠相邻树间根与根的接触和灌水向相邻植株扩散传播。一株得病，常常引起四邻感染；多株得病，常常造成病树一片；放任不管，毁个果园不用三年。
第一步挖沟隔离。发现病株，最好间隔一株好树挖沟隔离，以防病菌向健株和无病区蔓延，病区四周沟深不得低于80厘米。
第二步刨盘晾根。隔离后，将病区每株树的树盘表土刨开晾晒1~3天。一则可剪除发病的大侧根，二则阳光就是一种很好的天然杀菌剂，三则可增加发病植株土壤的透气性，抑制病害的发展。
第三步药肥灌根。多粘类芽孢杆菌300倍液 弘蕊螯合氨基酸30倍灌根。即每300斤水用多粘类芽孢杆菌1斤 氨基酸10斤，盛果期桃树等灌稀释液60~100斤。
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