辣椒烂根，分为几种情况，一，底肥烧根；二，根部病害，如根腐病害等，确定了病因才能对症施治
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根腐病，是由于根部腐烂，吸收水分和养分的功能逐渐减弱，最后全株死亡。主要表现为整株叶片发黄、枯萎。一般多在3月下旬至4月上旬发病，5月进入发病盛期。
1.精选品种选好并整好育苗地块。选择优质品种，并对种子进行浸种 种衣剂处理，并适期播种。2.种子、插穗消毒播种前，种子可用种子重量的402抗菌剂乳油倍液浸种5小时；插穗基部也可用同样浓度药液浸1小时后扦插。
3.苗床土壤消毒，可使用甲霜恶霉灵、多菌灵等进行土壤消毒，且可兼治猝倒病、立枯病。
4.田间管理:①精耕细整土地，悉心培育壮苗，在移植时尽量不伤根，精心整理，保证不积水沤根，施足基肥。②定植后要根据气温变化，适时适量浇水，防止地上水分蒸发、苗体水分蒸腾，隔绝病毒感染。③分别在花蕾期、幼果期、果实膨大期喷施磷肥，增强植株营养匹配功能，使果蒂增粗，促植株健康生长，增强抗病能力。
5.药剂防治。可使用铜制剂或甲霜恶霉灵进行防治
发病时可用甲霜恶霉灵或铜制剂进行灌根。
6.及时防治地下害虫和线虫的危害。
有机防治方法
1、农业防治加强苗床管理，苗床播种后覆土不宜太厚，苗床洒水要看土壤湿度和天气而定，水量不宜过多。在夏季的中午前后不要浇水，多中耕，提供土壤透气性。
2、物理防治用55℃的温水浸种10分钟。
3、药剂防治苗床预防使用可湿性粉剂按每平米24克进行灌根，也可于发病前或发病初期使用倍灌根，每株200毫升药液。发病严重时要清除病株，同时使用固根进行灌根。
烂根是防治，没有彻底根治这么一说，水浇多了会烂根，肥多了也有可能烧根。所以最好掌握辣椒的生长规律进行防治烂根，楼上说的根施通 护树将军是消毒杀菌的效果挺好的，一下技术你可以参考一下。
大棚辣椒沤根病一般在苗床或定植后的幼苗均可发病，发病初期可使秧苗幼根表面呈锈褐色，后逐渐腐烂，新根不发，导致地上茎叶变黄，植株萎蔫而死。
防治措施
1、播种前应对辣椒种子进行消毒，随即用新高脂膜拌种，驱避地下病虫，隔离病毒感染，提高种子发芽率。
2、畦面整平，严禁大水漫灌，浇后及时中耕，并配合喷洒新高脂膜保墒保温，防止水分蒸发，同时应避免使用大量杀菌剂之类的药剂，加重辣椒沤根病的发生。
3、加强苗床温度管理，注意加大通风量，减少棚内湿度。辣椒沤根病发生初期，应及时划锄松土、提高地温，增强土壤透性。同时喷洒新高脂膜形成保护膜，防治气传性病菌的侵入。
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