气候影响、水分管理不平衡、施肥不当烧根，都有可能导致烂根死苗问题，气候影响我们控制不了，不过人为管理是可以做的，无论是大棚或露天种植甜瓜都要做好水分和施肥管理，还有，一般甜瓜移栽后也容易伤根起苗慢，无法及时恢复，之后就开始黄叶、烂根、死苗，提前做好预防是关键，定根水就要注重磷钙的补充，浇施微补根力钙 精力，补磷补钙，有利于促进毛根须根生长，提苗缓苗快，预防减少烂根死苗问题。
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甜瓜根腐病和枯萎病的发生还与甜瓜田土壤中病原菌的数量、甜瓜的品种抗性、田间土壤特性、农民的栽培方法、区域气候因素等有关。土壤中根腐菌和枯萎病菌的数量影响甜瓜根腐病和枯萎病的发生。如果一年四季连续种植，田间根腐病和枯萎病的细菌数量将逐年增加，连作34年后根腐病和枯萎病将加重。此外，甜瓜品种抗性差，农民栽培方法不当，土壤粘度大，偏碱，易积水等。会诱发甜瓜根腐病和枯萎病的发生。防治甜瓜烂根病和枯萎病，农民需要及时采用抗病品种，优化栽培方法，及时冲洗和施用微生物肥料，杀死土壤中的有害细菌，加强根系和幼苗，让甜瓜在良好的环境中生长。
种瓜的时候注意不要伤根。种瓜前需要对土壤进行消毒，避免土壤中残留细菌。合理密植，控制田间透光率。加强水肥管理，合理为甜瓜提供水分，保持土壤湿润。施肥时注意施肥量，避免肥料与瓜根直接接触。甜瓜种植过程中，及时清除病株、叶片、根系和杂草，并一起焚烧。田间施用微生物肥料可以调理土壤，增强土壤渗透性，改变根系周围环境，生根壮苗，提高根系免疫力，有助于根茎的生长。而且还能防病治病。甜瓜根腐病主要感染甜瓜的根和茎，患病植物的根茎通常浸泡在水中。
随着病情的发展，会出现褐色坏死斑而腐烂，腐烂部位的维管束会变成褐色。随着病情的发展，甜瓜的患病部位会萎缩变薄，植株或幼苗的叶片会从上到下逐渐变绿萎蔫，严重时死亡。防治甜瓜根腐病，应施用充分分解的基肥，精心整地，采用高畦栽培，注意防淹。浇水时可采用滴灌，防止田间积水。病害发生后，要及时用微生物菌给根系施肥，以维持甜瓜根系，增强土壤的渗透性。甜瓜根腐病主要感染甜瓜的根和根茎，甜瓜的感染部位会被水淹，慢慢变黄棕色坏死腐烂。湿度大时，根茎表面会产生白色霉菌。随着病情的发展，患病部位会稍微缩小变薄，植物或幼苗的叶片会从下往上逐渐枯萎死亡。
可能受到病虫害危害；可以用以下药剂防治35%氯虫苯甲酰胺可分散粒剂6天然芸苔素乳油0倍，绿风0倍，科宝植物优生素倍（移栽作物、药害和肥害、冻害、涝害、强根壮苗、控旺使用倍）混合均匀叶面喷雾。
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