根腐病，推荐先用甲霜恶霉灵或者络氨铜灌根一次，一周后用枯草芽孢杆菌加腐植酸灌根一次，也可以用乙蒜素加咯菌氰，或者宁南霉素嘧菌酯加中生菌素等配方，主要和水分过大，土壤中病原菌和植株不强壮有关系，所以一定要注意水分和土壤的调理
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1、通风防晒苗长出一星期左右，要打开育苗大棚的两端，让其通风一两天，若是高温或太阳强照，就在大棚上面放一些稻草或是能遮阳的东西，过两天再在早晚太阳不强的时候全部敞开。有大风或雨也要做好苗床的保护。然后待苗泛青了适时全部敞开，让其完全适应露天环境。2、适当控水苗期要控制浇水，尤其是阴雨天不浇水；对烂根较轻的瓜苗，可通过苗床松土、撒施草木灰等方法增温、降湿，以利于瓜苗尽快复壮生长。3、合理施肥过量施肥会导致西瓜苗根系发黄，不发新根，地上部分生长缓慢。因此要注意合理施肥，以磷、钾肥为主，氮肥为辅，浓度不宜超过百菌清可湿性粉剂800倍液喷施，隔710天喷一次，补充西瓜苗生长需要的各种营养元素，促进瓜苗的生长发育，壮苗、提高植株的抗性。4、移栽促根移栽田间后，即用宇花灵1号兑水600斤作为定根水淋施，促进瓜苗尽快发新根及根系生长发育，以防止烂根死苗。
真菌性病害。建议络氨铜等等铜制剂灌根，同时叶面喷雾恶霉灵或者咯菌腈或者春雷霉素等等＋叶面肥。此病害以灌根防治为主，叶面喷雾防治为辅，得病后作物传导输送水肥能力差，叶片打药混合叶面肥补充能量。最好早早预防，定植当天用络氨铜等等铜制剂灌根预防最好。
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