盆栽果树因容器的容积有限，根系受制约的程度较大，因此必须使有限的盆土具有比自然土肥力高得多，才能维持盆栽植的正常生命活动。
对盆土的要求，以果树种类品种而异。一般要求理化性质好，pH值要适宜，保肥保水透气渗水。目前常用的盆土，一是天然的营养土，如取自森林中阔叶树下的腐叶土;二是人工配制的营养土。可以就地取材，如煤渣，腐熟的木屑、腐叶土、蛭石、泥碳土及当地肥沃的园土等。具体配制的比例和方法各地可以根据具体情况而定，大致配方如下①煤渣5份，腐叶土3份，厩肥2份。②木屑5份，园土2份，厩肥3份。③园土1份，糠灰0.5份，厩肥0.5份。④园土1份，泥炭1份，糠灰1分。⑤腐熟马粪3分，肥沃田土3份，矿土3份。⑥烂树叶3份，厩肥2份，黑土5份。
培养土的各种成分混拌均匀后，进行消毒，消灭土壤中的病虫(如苹果的根腐病菌、蛴螬)和杂草种子等。常用的方法是日光曝晒和福尔马林消毒。日光曝晒就是在太阳光下曝晒，并经常翻动研碎，充分受到紫外线的照射消毒灭菌。福尔马林消毒，就是用福尔马林1公斤加水40～50公斤(加水量根据土的干湿程度而定)，均匀洒在1立方米的培养土中，再用薄膜密封熏蒸消毒，密闭2天，揭开待福尔马林完全挥发后才能上盆栽植果树。另外如有条件用高压蒸气灭菌，高效无毒又理想。此外也可将土放在铁锅中加热，不断翻炒以达到消毒目的。
盆栽果树，以下情况时需要及时换盆。①植株大，原有的盆土已不适合植株生长的要求，必须扩大盆土容积，提高根系吸水面积，需要换上较大的盆。②多年生植物在盆中生长，年龄较老，根系在盆内交叉生长，互相拥挤，盘根错节，影响新根生长，吸收养分的能力显著减弱，这时需进行换盆，加上适当的肥培管理，根系作适当修剪，起到根系复壮更新，增强树体生长结果。③原有盆土经植株长期选择，吸收矿质养分后，使植株呈现缺素症状，或盆土物理性质变劣，通气性变坏，植株生长不良，则可利用原盆更换培养土。④发现根系部分有病虫害时，进行根系修整，结合防治病虫进行换盆。
换盆时间，春季、秋季均可进行。秋季应在盆栽果树秋梢停长以后，根系出现第三次生长高峰之前进行。春季，落叶果树在根系第一次开始生长前进行，常绿果树一般在梅雨期进行。换盆方法应以不伤根或少伤根为原则。具体操作方法以盆大小而定，盆径小于40厘米的，换土时可用左手握住植株基部，右手轻拍盆壁，然后将盆脱开，双手将植株连盆土拔起。如果容器较大，或木桶栽植，最好在2天前浇透水，然后用绳束缚树冠，小心横倒缸桶，轻拍缸壁，使盆土与盆壁分离。然后一人用双手紧握缸口，另一人用力拔出植株。
修根盆栽果树生长几年后，根系老化，密集拥挤，为了保持旺盛生长，每隔1～2年结合换盆进行修根。先清理土球，可用竹片轻轻剔除周围旧盆土，然后剪除沿盆壁生长的卷曲根，换上培养土，以复壮根系。大型种植箱一般不换盆，结合秋施基肥，切断部分根系，以利来年新根大量发生。
